Dal 1295 e 1528 Misano fu sotto il dominio dei Malatesta che vi edificarono un castello di cui oggi restano l’arco d’accesso e parte della torre (poi divenuta simbolo dello stemma del comune). Successivamente, a seguito della decadenza della dinastia malatestiana, Misano entrò a far parte dello Stato Pontificio fino all’unità d’Italia. Un fatto importante di questa epoca fu il riconoscimento per la prima volta, di Misano come Comune autonomo, avvenuto nel 1511 con la relativa nomina del Capitano del Castello; risulta infatti da una decisione del Consiglio Comunale di Rimini del 1511 che “gli homini di Misano, Scazano e de la Corte de Lagina” chiesero ed ottennero dai Consoli di quel Consiglio di essere separati dall'Ufficio di San Clemente, a cui erano sottoposti, e di avere un Capitano loro proprio.
Nel 2011 in occasione dei festeggiamenti dei 500 anni dell'indipendenza di Misano nasce il Palio del Capitano di Castello, dove le 8 contrade del comune si sfidano a singolar tenzone.